鉴于中国基本制度和国情的特点,自由贸易协定管理体制的创新是其他自由贸易协定改革的关键,也是建立自由贸易协定的主要任务。湖北保税区是中国第三批自由贸易区之一。其使命是以制度创新为中心,促进中部地区的崛起和长江经济区的发展,重现性和普及性是实现中东部地区,内陆和沿海地区协调发现的主要要求。自贸区是我国深化改革的试验项目,在新经济制度探索方面发挥着重要作用。自贸区改革不同于普通经济改革,是打造贸易自由化,增强区域内外贸易活力的主要途径,而行政管理体制作为自贸区服务的着力点,在政府职能转变当中发挥着关键作用,当然,行政管理体制创新面临诸多困境。本文阐述了关于自贸区制度创新的国内外研究现状,根据国内外学者的理论研究成果,以湖北自贸区作为研究对象,分析了湖北自贸区三大片区行政管理体制现状,总结了湖北自贸区在行政管理上的创新举措和成效,对湖北自贸区三大片区协调发展提出了相应的对策和建议,最后提出了湖北自贸区四大制度创新,包括以负面清单为核心的境外资本管理制度创新、以便利化自由化为重点的贸易监管制度创新、以金融开发为内容的金融制度创新、事中事后监管制度创新。