仙居生物多样性科教中心项目是“仙居县域生物多样性保护和发展利用示范工程”法开署贷款项目的子项目之一，位于仙居国家公园北入口、神仙居游客中心南侧，于2018年开工建设，总投资约1.5亿元人民币，总用地面积约平方米，总建筑面积.87平方米，该项目建设包括博物馆与生物多样性科研监测中心及相关配套设施。

仙居生物多样性科教中心博物馆主要以展示仙居地区生物多样性资源为主题，包括影像长廊、仙居流纹质火山岩景观展厅、动物多样性展馆、生态环境多样性展厅以及植物多样性展馆等，是重要的展示教育基地。生物多样性科研监测中心则主要用于仙居县域生物多样性和生态系统的研究，识别和监测需要保护的生物及生态系统，建立生物多样性重点区域，修复和恢复生态系统，促进受胁迫物种的恢复，不断改善仙居生物多样性资源。

目前，项目已完成建筑主体、配套水电、绿化及装修等，正在进行博物馆展厅的布置。